Este laboratorio recibe le evidencia física ocupada por los agentes de ley y orden. Documentan e identifican para luego analizar y/o examinar utilizando técnicas y tecnología moderna para el análisis y el examen de modo que se pueda esclarecer la investigación. Realizan la preservación, custodia, inventario y disposición de todo lo que se recibe, en algunos casos se realiza en coordinación con otras secciones. El personal del laboratorio está capacitado para evaluar la evidencia y orientar a los clientes.

El Instituto de Ciencias Forenses tiene tres laboratorios de sustancias controladas ubicados en San Juan, Ponce y Mayagüez.